とりあえず、単著図書の目次と、主要雑誌論文を記載します。
いずれは、正誤表や、資料によっては全文テキストも掲載したいと考えています。

なお、別のページに『桃山学院大学人間科学』第36号（2009年3月） の「主要著作目録」（pp.699-709）を転載している。

『ダーウィンをめぐる人々』朝日新聞社、1987年

『近代進化論の成り立ち』創元社、1988年

『博物学の欲望−リンネと時代精神』講談社現代新書、1992年

『ダーウィンの時代−科学と宗教』名古屋大学出版会、1996年

『ダーウィン前夜の進化論争』名古屋大学出版会、2005年12月

『チャールズ・ダーウィンの生涯　進化論を生んだジェントルマンの社会』朝日新聞出版、2009年8月

『博物学の世紀−リンネと分類の欲望』講談社学術文庫、2026年2月
　　『博物学の欲望』(1992)を改題して再刊したものである。



「集団遺伝学の成立、およびその進化論との関係について」『桃山学院大学人文科学研究』13巻2号(1977), .29-52. open access
「自然選択概念の変遷」『科学』54巻4号 (1982), 206-211.
「ダーウィニズムの科学性」『桃山学院大学人文科学研究』18巻2号(1982), .83-103. open access
「カール・ポパーの進化論」『生物科学』35巻2号 (1983),　89-96.
「ウィルバーフォース主教のダーウィン批判」『桃山学院大学キリスト教論集』21号(1984), 131-143. open access
「ダーウィニズムについての誤解」『科学基礎論研究』18巻4号(1988),　185-190.
「非適応形質と自然選択説」『科学基礎論研究』19巻3号 (1989), 129-133.
「バックランドの地質学と自然神学」『桃山学院大学人間科学』6号 (1994), .27-43. open access
「オックスフォード運動と自然神学」『桃山学院大学人間科学』8(1995), 69-83. open access
「日本で刊行されたダーウィンの伝記」『科学史研究』206号 (1998),　65-71.
「カトリック教会と進化論」『桃山学院大学キリスト教論集』35号(1999), 51-65. open access
「マイヴァートのダーウィニズム批判」『生物学史研究』64号 (1999), 25-35.
「ダーウィン進化論の自然神学的背景」『桃山学院大学人間科学』20号(2000）, 139-161. open access
「カトリック教会の1996年進化論会議」『桃山学院大学キリスト教論集』37号(2001）, ,81-95. open access
「マイヴァートの生涯と業績」『生物学史研究』67号(2001）, 9-19.
「岸和田高校所蔵の洋学書（１）」『桃山学院大学総合研究所紀要』27巻2号(2001）, 85-90. open access
"Evolutionism in Early Twentieth Century Japan"Historia Scientiarum . Vol.11,No.3(2002）, 218-225.
「チェンバーズ著『科学入門』と小幡篤次郎訳『博物新編補遺』」『桃山学院大学人間科学』24号(2003), 149-168. open access
「紹介：復刻文献集・『痕跡』とその反響・7巻（テムズ・プレス、2000年）」『生物学史研究』71号(2003), 57-69.
「ヒュー・ミラーの地質学」『桃山学院大学人間科学』25号(2003), 101-124. open access
「ヒュー・ミラーの反進化論」『生物学史研究』72号(2003), 55-72.
「スコットランド自由教会の科学者たち」『桃山学院大学キリスト教論集』40号(2004), 1-29. open access
「ジェームソンとグラントのラマルキズム」『生物学史研究』73号(2004), 15-29.
「リチャード・オーエンの進化論への対応」『桃山学院大学人間科学』28号(2004), pp.1-17.
「さまざまな進化論・さまざまな創造論」『生物学史研究』74号(2005), pp.89-91.
「チェンバーズ『インフォメーション』と文部省『百科全書』について」Chambers's Information for the People. 5th ed., 復刻版（ユーリカ・プレス、2005年9月）別冊日本語解説。
「ダーウィンはいかにして進化論に到達したか」『数理科学』2006年6月号、55-59.
「ダーウィン進化論の特徴と影響」『理科教育』2006年11月号、32-39.
「書評・C.ラッセルほか（藤井清久ほか訳）『科学革命とキリスト教』３巻、すぐ書房、2003年」『生物学史研究』79号(2007), 77-86.
「日本におけるダーウィン理解の誤り」『現代思想』2009年4月臨時増刊「総特集・ダーウィン」 48-52.
「ダーウィン研究40年から言えること」『科学史研究』251号(2009), 165-167.
「日本学術会議ダーウィン・シンポジウムで展示した本学資料」『桃山学院大学総合研究所紀要』35巻3号(2010）, 109-120. open access
「ダーウィン研究の展望」『学術の動向』2010年3月号、16-21.
「西洋思想における人間と生物」『理科教育』2010年7月号、76-80.
「総説・メンデルは遺伝学の祖か」」『生物学史研究』94号(2016), 1-17.
「Journal of the History of Biology の50年」『生物学史研究』97号(2018), 99-102.
「モーペルチュイとビュフォンの発生論と遺伝論」『桃山学院大学人間文化研究』10号(2019), .209-224. open access
「ハーヴィの発生論と遺伝論」『桃山学院大学人間文化研究』11号(2019), 161-172. open access
「ダーウィンと社会思想：悪用の歴史」『科学』90巻8号(2020), 665-667.
「『種の起源』の書名について」『桃山学院大学人間文化研究』14号(2021), 333-349. open access
「ダーウィンと社会思想：悪用の歴史」『科学史研究』60巻(2021), 246-252.
「書物としての『種の起源』」『桃山学院大学人間文化研究』16号(2022), 39-63. open access
「『種の起源』のアメリカ版とドイツ語訳」『桃山学院大学人間文化研究』18号(2023), 1-20. open access
「『種の起源』のフランス語訳」『桃山学院大学人間文化研究』19号(2023), 1-23. open access
「ジョフロア=サンチレールの生物学思想：『プランの一致』の歴史的意義」『桃山学院大学人間文化研究』21号(2024), 1-36. open access
「追悼、鈴木善治さん：個人的思い出」『生物学史研究』106号(2026), 88-91.
研究ノート「キールマイヤーの生涯と業績」『桃山学院大学人間文化研究』25号(2026), 印刷中.

溝口元・松永俊男『生物学の歴史』放送大学教育振興会、2005年3月
「第1章　アリストテレスの生物学と近代の生物学 − 目的論的自然観と機械論的自然観」 pp.11-19.
「第3章　リンネの分類学 − 自然史研究の系譜」 pp.38-49.
「第4章　ラマルクとダーウィン − 生物学の革新を目指して」 pp.50-62.